Initiatiefnemer
John Rossen en Bhanu Sinha, afdeling Medische Microbiologie en Infectiepreventie, Universitair Medisch Centrum Groningen.
Type project
Wetenschappelijk Onderzoek
Periode
2018 – 2022
Financiële bijdrage
Eenmalig € 250.000,-
Promotieonderzoek geavanceerde moleculaire opsporing tbc-bacterie
Aanleiding
Accurate identificatie van de tbc-bacterie en vooral ook het snel detecteren van resistentiepatronen is in het kader van een toename van MDR- en XDR-tbc-bacteriën uitermate belangrijk. Er moet zo snel mogelijk gezocht worden naar alternatieve middelen, omdat de patiënt anders niet snel zal genezen, maar ook om verspreiding van deze besmettelijke ziekte te voorkomen. De tot nu toe gebruikelijke fenotypische (kweek-gebaseerde) en moleculaire (DNA-sequentie-gebaseerde) testen hebben allen voor- en nadelen die ruimte voor verbetering laten.
Doel
Het belangrijkste doel van het project was snelle en nauwkeurige detectie en identificatie van tuberculeuze en niet-tuberculeuze mycobacteriën en hun resistentiepatroon met behulp van next-generation sequencing (NGS) technologieën. Dit als aanvulling op de kweekgebaseerde methoden voor het begeleiden van fenotypische testen en het aanpassen van antimicrobiële therapie.
“Moderne technieken helpen ons om bacteriën snel te identificeren,
wat een stap vooruit is vergeleken met klassieke kweekmethodes.”
Prof. dr. Bhanu Sinha en prof. dr. John Rossen
Resultaten
Het onderzoek werd uitgevoerd in teamverband met als kernteam, naast de twee promovendi en de hoofdaanvragers, Natacha Monge do Couto (copromotor), Jessica de Beer (postdoc), Nienke Kok (masterstudent) van de afdeling Medische Microbiologie en Infectiepreventie en Onno Akkerman van de afdeling Longziekten en Tuberculose van het UMCG. De resultaten van het onderzoek gericht op deze twee vragen zijn gepubliceerd.
Deelresultaten van beide projecten werden op landelijke en internationale congressen als poster en/of korte voordrachten gepresenteerd. Tevens zijn deze publicaties opgenomen als belangrijke hoofdstukken in de proefschriften van twee promovendi die hun promotie (PhD) beiden inmiddels succesvol hebben afgerond. Hierbij is de subsidie verleend door Stichting Beatrixoord ook apart in de proefschriften vermeld.
Prof. dr. Bhanu Sinha en prof. dr. John Rossen over de resultaten: “Moderne technieken helpen ons om bacteriën snel te identificeren, wat een stap vooruit is vergeleken met klassieke kweekmethodes. We moeten wel goed kijken naar wat elke methode kan en waar ze tekortschieten. Zo moeten we de nauwkeurigheid van verschillende DNA-leestechnieken op elkaar afstemmen en hoe goed deze overeenkomen met de kweekmethodes. Dit samenspel tussen DNA-leestechnieken, computerwetenschap, aantonen van een verwekker bij patiënten en ziekteopsporing is zeer belangrijk, zeker om te bepalen welke bacteriën niet meer reageren op de standaard tuberculosemedicijnen. Als we dit goed doen, kunnen we patiënten beter behandelen en voorkomen dat deze resistente bacteriën zich verder verspreiden.”
De resultaten van dit project leveren een bijdrage aan een betere microbiologische diagnostiek en kwaliteit van zorg voor patiënten met een (verdenking op) mycobacteriële infecties, in het bijzonder tuberculose. De financiële ondersteuning van dit project door Stichting Beatrixoord was hiervoor een onmisbaar onderdeel om de hierboven genoemde resultaten te kunnen bereiken.
Proefschriften met uit dit project voortvloeiende resultaten:
Proefschrift Nilay Peker (RUG 2022) Exploring next-generation sequencing in clinical microbiology: identification, characterization and typing of pathogens. Dit proefschrift is open access toegankelijk onder DOI: 10.33612/diss.218469374
Proefschrift Leonard Schüle (RUG 2022) Application of next-generation sequencing in microbiology: from clinical diagnostics to One Health surveillance. Dit proefschrift is open access toegankelijk onder DOI: 10.33612/diss.207783719
